Sakura ha logrado vencer sus miedos y conseguido ser la dueña definitiva de las cartas Clow, ha pasado con gran éxito la prueba, pero sobre todo gracias al enorme amor que posee es cómo logró ser la vencedora durante el juicio contra Yue. Ella ha crecido más y ahora que el verano ha terminado tiene que avanzar de semestre, se encuentra muy feliz, pero también nerviosa por lo que el destino le depara, pues en la ciudad de Tomoeda comienzan a pasar cosas muy extrañas. Sakura con la ayuda de sus mejores amigas y amigos deberá buscar el origen o la causa de todos los sucesos que ocurren, además la llegada de un nuevo alumno proveniente de Inglaterra, se acercará mucho a Sakura, pero este chico posee grandes secretos. Sakura deberá lidiar con toda la magia y cosas obscuras que la rodean, además sus cartas Clow comienzan a fallar y cree que se debe a la llegada de los fenómenos sobrenaturales que atormentan a su ciudad.
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