Durante la era Tokugawa en Japón existió un samurái que se convirtió en el verdadero terror de todos, pues ocupó sus habilidades para asesinar a muchas personas. Este samurái es Kenshin Himura, quién desde muy joven decidió poner a disposición sus servicios ante los Patriotas de la Restauración, quienes le encomendaron varias misiones para terminar con sus enemigos y cuando las cumplió todas, Kenshin decidió optar por una vida bajo al anonimato, ya que se sentía mal por haber matado sin piedad. Ahora él se dedica a vagar por todas las regiones de Japón y ayudar a personas desafortunadas, pues cree que haciendo esto podrá limpiar un poco sus pecados. En uno de sus viajes conoce a una joven, Kaoru Kamiya, quién se encuentra en problemas y Kenshin llega justo a tiempo para ayudarla, por lo que ahora estará un tiempo con ella y conocerán a tres personas más con las que cruzarán caminos: Yahiko Myoujin, Sagara Sanosuke y Takani Megumi con quienes de alguna manera se volverán su familia. Ellos emprenderán varias aventuras, pero se encontrarán con enemigos del pasado de Kenshin que querrán cobrar venganza y él con tal de proteger a los suyos dejará salir a flote al samurái diestro que alguna vez fue.
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