Esta nueva temporada inicia un años después de los acontecimientos pasados. Dean ahora vive una vida normal junto a Lisa Braeden y su hijo Ben. Sam milagrosamente logra regresar a la Tierra para reunirse con su hermano y Dean termina dejando su vida a un lado. A medida que la historia avanza, se revela que Sam ha estado trabajando con su abuelo, Samuel Campbell, para encontrar al Monstruo Alfa. Eventualmente Bobby recupera su alma de las garras de Crowley, quien aparentemente se ha convertido en el rey del infierno. A pesar de que las cosas parecen estar saliendo bien, se descubre que Samuel ha estado siguiendo las ordenes de Crowley, a cambio de la vida de su hija, la madre de Sam y Dean. Castiel ya no tiene posibilidad de ayudarles debido a que una guerra civil se está llevando a cabo en el paraíso en contra del arcángel Rafael, quien quiere liberar a Lucifer y a Miguel de su encierro en el infierno, para desatar el Apocalipsis de nueva cuenta. Al mismo tiempo, Crowley trata de usar al Monstruo Alfa para localizar el purgatorio, el lugar en donde están las almas de todos los monstruos que han sido asesinados, y así ganar más poder para su causa.