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A medida que la guerra continúa, Shirou comienza a desarrollar sus propias habilidades como mago imitando las habilidades de Archer, y Rin nota sorprendentes similitudes entre los dos. Sin embargo, en una batalla contra el sirviente Caster en un intento por rescatar a su guardián Fujimura, Shirou pierde el control de Saber, quien es encarcelado por Caster. Shirou promete luchar con su propia fuerza mágica para detener la guerra y salvar a sus amigos. Archer traiciona a Rin durante una pelea contra Caster, pero Rin reforma su alianza con Shirou. Con la ayuda de Lancer, el dúo logra liberar a Saber de Caster. Para ganar más aliados, Rin y Shirou deciden formar equipo con Illyasviel von Einzbern y su sirviente Berserker. Sin embargo, Gilgamesh, el antiguo sirviente de Kotomine, llega y mata tanto a Illya como a Berserker antes de que Rin y Shirou puedan detenerlo. En la villa de Illya, Archer desafía a Shirou a una pelea, con la esperanza de destruir los objetivos de Shirou de ser un héroe.
