La tercera temporada trata mayormente de los problemas que tendrá que sortear Juliana después de buscar su seguridad en la zona neutral. Al darse cuenta de que sus destinos están estrechamente conectados, ella comienza a trabajar con el ministró Tagomi, tratando de interpretar el misterio de los últimos videos. Mientras tanto, la tensión aumenta entre las dos potencias mundiales y Joe Blake regresa de Berlin para después ser enviado en una misión diplomática a San Francisco, en donde él y Juliana se reúnen, llegando a un acuerdo en su relación. Por su parte, Helen tiene que tomar medidas drásticas para proteger a su familia, mientras tienen que lidiar con las repercusiones de la muerte de Thomas. Smith tiene un papel importante en esta temporada, después de conocer las sorprendentes ambiciones del nuevo programa nazi, las cuales tiene ramificaciones globales y personales.