Aunque Jason Butler Harner era el presidente de su club de teatro de la escuela, pasó su tiempo construyendo sets en lugar de actuar, ya que muchos de sus familiares eran carpinteros o fontaneros. A los 17 años, después de graduarse de la preparatoria, trabajó como acomodador en el Teatro Eisenhower, parte del Centro Kennedy en Washington, D.C., mientras estudiaba la universidad. Después de graduarse de VCU con una Licenciatura en Bellas Artes en actuación en 1992, fue aprendiz en el Actors Theatre de Louisville. Posteriormente, se mudó a Nueva York y recibió una Maestría en Bellas Artes en el Programa de Actuación de Graduados de la Tisch School of the Arts en 1997. Desde entonces apareció en filmes y series de televisión. Participó en la cinta dramática protagonizada por Angelina Jolie El sustituto (2008); en la cinta de acción de Liam Neeson Non-Stop: Sin escalas (2014), y en series como Scandal y Ray Donovan. Harner interpretó a Roy Petty en las primeras dos temporadas del drama criminal de Netflix Ozark.