En El libro de los secretos, treinta años después de enfrentar un apocalipsis nuclear, la humanidad ha sido mermada y los pocos sobrevivientes tratan de continuar sus vidas en una desierto tóxico y derruido. En ese entorno, un misterioso hombre, Eli, se desplaza a pie hacia la costa oeste del país, deteniéndose en algunos pueblos para descansar y obtener provisiones, mientras sortea y evita peligrosos encuentros con violentos grupos criminales y caníbales. En su camino, llegará a un pueblo gobernado por el despiadado Carnegie, quien ha empleado la mayoría de sus recursos y hombres para conseguir un específico libro, con el cual cree poder controlar a otras comunidades. El destino ha enfrentado a ambos hombres, puesto que Eli carga con dicho libro y tiene la misión superior de llevarlo a un lugar donde sea necesitado. Es entonces que comienza un descarnado enfrentamiento entre ambos: por un lado, Eli debe continuar su camino para llevar la lectura a un lugar especial, mientras que Carnegie hará todo con tal de poseerlo.
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