En el año 2089, una pareja de arqueólogos, Elizabeth y Charlie, descubren un mapa interestelar en unas cuevas de la región de Escocia, que coincide con otra serie de mapas de diversas culturas antiguas, aparentemente sin conexión entre sí. Su interpretación deriva en el origen de la humanidad, creada por unos seres que han llamado “ingenieros”. Con tal descubrimiento, un excéntrico millonario, Peter Weyland, decide financiar un equipo de exploración, a borde de la avanzada nave Prometeo para seguir el mapa hasta una luna conocida como LV-223. Cuatro años más tarde, la expedición aterriza en la superficie montañosa de la luna, cerca de una estructura artificial, donde encuentran una estatua monolítica de una cabeza humanoide y el cadáver decapitado de un ser alienígena. Sin embargo, a medida que investigan los acontecimientos y encuentran más restos de una raza supuestamente extinta, la tripulación se enfrenta con una forma de vida extraña y extremadamente peligrosa.
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