Después de que la amenaza de Nanomite ha sido neutralizada, el gobierno de los Estados Unidos ha encarcelado a Cobra Commander y Destro en una prisión subterránea ineludible. Cuando el líder de Pakistán es asesinado, el presidente de los Estados Unidos llama a los Joes a asegurar las ojivas nucleares de Pakistán antes de que caigan en manos enemigas. Sin embargo, a raíz de completar con éxito su misión, los Joes son víctimas de un devastador ataque sorpresa. Roadblock, Lady Jaye y Flint son los únicos sobrevivientes y están convencidos de que la única persona que había ordenado el ataque fue el presidente y se disponen a volver a Estados Unidos de alguna manera. Ahora, con Cobra de nuevo en libertad y reteniendo al mundo entero como rehén con una nueva arma revolucionaria colocada en satélites que orbitan el planeta, depende de los Joes y de un viejo amigo salvar el día en G.I. Joe: El contraataque.
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