La película está inspirada en El Gran Dragón Rojo de Siete Cabezas de la Biblia que intentaba devorar el hijo por nacer de una mujer en el Apocalipsis.
Siete Cabezas se filmó al aire libre y en un lugar inhóspito, en el Parque Nacional de Chingaza, una de las reservas de agua de Colombia.
Marcos, el protagonista de la cinta, padece el trastorno de identidad de integridad corporal (BIID, por sus siglas en inglés) una enfermedad de la que, hasta hace una década, poco se sabía y no tenía nombre. Las personas con esta afección, buscan mutilarse el miembro que sienten que no es parte de ellos.
El guionista español Ernesto Bedriñana y el director de cine Jaime Osorio conocieron la enfermedad tres años antes de iniciar el proyecto. Les atraía la idea de un personaje que se viera al espejo y no reconociera parte de su cuerpo, un cuerpo que es dos cuerpos en uno. Un ser que tiene dos cuerpos que están en lucha, un cuerpo que está en lucha contra sí mismo: la disputa entre el bien y el mal.
La música de Siete Cabezas estuvo a cargo del compositor Camilo Sanabria, quien ha participado en proyectos como Amazona, Todo comenzó por el fin, Alias María, Pride and Glory, y las series de televisión Ugly Betty y Chuck.