La aparición continua de formas de vida gigantes no identificadas conocidas como “Especie Clase S” se ha convertido en algo común en Japón. Las armas convencionales no tienen ningún efecto sobre ellos. Habiendo agotado todas las demás opciones, el Gobierno japonés emitió el Protocolo de Supresión de Especies Clase S y formó una unidad de aplicación, conocida como SSSP. Los integrantes elegidos para la unidad son: Líder Fumio Tamura, Estratega Ejecutivo Shinji Kaminaga, Físico de Unparticle Taki Akihisa, y Biólogo Universal Yume Funaberi. A medida que empeora la amenaza de las especies Clase S, aparece un gigante plateado del más allá Atmósfera de la Tierra. En Shin Ultraman, el analista Hiroko Asami es recién nombrado para unirse a la SSSP para hacer frente a este gigante y está asociado con Shinji Kaminaga. En el reporte de Hiroko, ella escribe... “Ultraman (nombre tentativo), identidad desconocida”.
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