En la víspera de la Navidad de 1955, Trevor Bruttenholm, el padre adoptivo del joven demonio híbrido Hellboy, le cuenta una historia antes de dormir, la cual narra una antigua guerra entre los humanos y una serie de criaturas mágicas, provocada por la avaricia del hombre, provocando que el líder de los duendes ofrezca al rey elfo, Balor, la construcción de un ejército de autómatas indestructible, llamado el Ejercito Dorado, que le ayude en la interminable batalla. Creados para ser dirigidos por una persona de sangre real, el ejército pronto destruye a gran parte de la humanidad, causando conflicto para Balor y finalizando la guerra con un acuerdo de tregua, donde se establecía que los seres mágicos vivirían en los bosques, mientras los humanos lo harían en las ciudades. Las partes están de acuerdo salvo una persona, el príncipe elfo Nuada, quien decide exiliarse tras el pacto. Después de años de destrucción de los bosques sagrados por parte de los humanos, Nuada regresa con su pueblo, quien lo aclama para llevarlos a una solución pacífica. Pero Nuada desea activar de nuevo al temido ejército y aniquilar la vida humana de forma definitiva. Así, la Agencia de Investigación y Defensa Paranormal, comandada por Hellboy, deberá hacer frente a esta nueva amenaza.
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