En un futuro distópico y casi surrealista, la sociedad se enfrenta a la súbita ola de desapariciones de pequeños niños. Detrás del asunto, parece encontrarse Krank, un maligno clon creado por un brillante científico alemán. Krank ha organizado a su grupo de maleantes para secuestrar a los niños debido a su incapacidad de soñar, por lo que su única alternativa es robar los sueños de los niños, aquellos que son más vívidos y lúcidos que los de los adultos; sin embargo, su plan no funciona debido al temor que los niños le tienen, por lo que sólo puede acceder a sus pesadillas. Esto no detiene los intentos de Krank quien ordena secuestrar a otro grupo de infantes, entre los que se encuentran el hermano menor de El hombre fuerte, un miembro del circo ambulante, dueño de enorme fuerza y una voluntad absoluta para recuperar a su hermano. En La ciudad de los niños perdidos, con la ayuda de varios miembros del excéntrico circo, parten para enfrentarse en una última batalla con Krank y su malvado ejercito de ciclopes.
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