The Young Pope comienza con el recién elegido Lenny, también conocido como Papa Pío XIII, sorprendiendo a los fieles diciéndoles que hagan muchas de las cosas que la Iglesia siempre les ha dicho que no hagan. Todo es un sueño, y Lenny se despierta con un día real sin un discurso controvertido, pero sin embargo crea controversia cada vez que abre la boca dentro de los muros del Vaticano. Pronto llega la hermana Mary (Diane Keaton), su asistente especial, donde se muestran fotos de ella cuando era una joven monja con Lenny en el orfanato donde ella ayudó a criarlo. Su otro guía es el confesor vaticano. Lenny lo convence de romper la confidencialidad del confesionario y derramar los pecados secretos de todos para poder retenerlos de nuevo a sus rivales. Después de cerrar la colección de arte del Vaticano para una visualización privada, Lenny parece más introspectivo, pero luego se escucha en una confesión en la azotea diciéndole al confesor que no cree en Dios. ¿Encontrará este pontífice extremadamente falible una manera de redimirse a sí mismo, o alguien intentará "redimirlo" de su trabajo?