Después del final de la octava temporada, Fox Mulder se esconde. Dana Scully vuelve a ser reasignada a la Academia del FBI, y Mónica Reyes se convierte en la nueva socia del FBI de John Doggett en la oficina de Expedientes X. Doggett le pide ayuda a Scully en un caso que involucra a un funcionario de la EPA, Carl Wormus, quien murió después de que una mujer que recogió forzó a su automóvil a salir de un puente. Doggett y Walter Skinner viajan a una planta de recuperación, buscando vínculos entre el trabajo de Wormus y la muerte. Después de hacer una autopsia ilegal en Wormus, Alvin Kersh envía a Brad Follmer para localizar a Doggett. La investigación en la planta de recuperación conduce a una mujer desconocida, cuya identidad se revela más tarde como Shannon McMahon, una de las ex asociadas marinas de Doggett. Ella le revela a Doggett que ella es un "Súper Soldado". Esto los lleva a un laboratorio clandestino donde se está llevando a cabo un experimento secreto a bordo de un barco naval. Más tarde encuentran conexiones entre los experimentos en el barco y el hijo de Scully, William.
