La segunda temporada comienza seis meses después, con los mutantes subterráneos en su nueva sede ubicada en Washington D.C., atrapados en medio de una nación cada vez más polarizada, ya que tanto el sentimiento anti-mutante como el movimiento por los derechos de los mutantes están en aumento. Los X-Men creían que los mutantes y los humanos podían vivir juntos en paz, ahora el sueño está en juego.
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