Esta segunda temporada traerá aventuras más tenebrosas y también bastante divertidas respecto al dúo conformado por Hanako y Nene. Los dos han logrado entablar un vínculo muy especial a pesar de que Hanako sea un fantasma que murió hace varias décadas atrás. Aunque Nene muchas veces suele ser muy dispersa, ella ha logrado desempeñarse de la mejor forma como asistente, de igual manera hay varios problemas, entes y más a los que tendrán que enfrentarse. Gracias a la temporada previa y al spin-off 'Hanako-kun después de clases' el público ha logrado conocer más a fondo la historia de este fantasma, ahora es el turno de saber más sobre Nene, la chica romántica y simpática. ¿Qué pasa en la vida de Nene fuera de su importante rol en la academia?