World's End Harem ocurre el año 2040, cuando el virus MK (Man-Killer) es una enfermedad letal que ha erradicado al 99.9 % de la población masculina del mundo. Reito Mizuhara ha estado en un sueño criogénico por años, dejando atrás a Erisa Tachibana, la chica de sus sueños.
Cinco años después, en el año 2045, Reito despierta de la congelación, emerge en un nuevo mundo loco por el sexo donde él mismo es el recurso más preciado del planeta. Reito y otros cuatro sementales masculinos viven una vida de lujo pero con una misión simple: ¡repoblar el mundo! Sin embargo, todo lo que Reito quiere es encontrar a su amada Erisa que desapareció hace tres años.