Theodore Templeton ‘Boss Baby’ regresa con más aventuras y problemas por resolver, pues siguiendo los eventos de la película ‘Boss Baby: Family Business’ éste es destituido de su cargo como CEO en Baby Corp, ya que es acusado de haber malversado fondos por lo que deberá regresar al hogar de su hermano Tim, mientras intenta resolver todos los malentendidos. Las hijas de Tim, Tabitha y Tina, recibirán a su modo la inesperada llegada de su tío, pues ya había pasado un tiempo desde la última vez que lo vieron. Tina será la que se vuelva más cercana a él, pues al ser parte de Baby Corp lo ayudará a conformar un equipo con otros bebés con diversas habilidades que se aventurarán en diferentes misiones para evitar la desaparición del negocio, pues hay varios enemigos que quieren terminar con el legado de Boss Baby.