Esta secuela se sitúa 16 años después de la gran pelea de chamanes ocurrida en ‘Shaman King’ por lo que ahora el personaje principal será Hana Asakura, hijo de Yoh y Ana Asakura. Todos creerían que Hana sería más brillante que su padre, pero la realidad es que este jovencito es sumamente rebelde y no parece interesarle nada respecto a los poderes y la espiritualidad por lo que siempre está metido en peleas con pandilleros y faltando a sus clases. Pareciera que Hana no posee ninguna motivación, pero todo cambia cuando miembros de su familia, los Asakura Luca y Asakura Yohane llegan a su hogar para querer exterminarlo junto a sus padres, ya que buscan ser la nueva familia principal. Es entonces que Hana decide aprender más sobre los chamanes y descubre que se acerca la ‘Flor del Maíz’ la cual es una batalla entre los dioses, los cuales a su vez eligen a un equipo de chamanes que está conformado por un líder, dos asesores y cuatro comandantes, así que Hana es elegido como el nuevo líder por Hao Asakura. Hao quiere vencer a KJ Styles, el rey de los chamanes y quien busca extinguir a la humanidad para que así el planeta esté purificado y sólo habitado por chamanes fuertes. Hana se encuentra en medio de una gran disputa, pues sabe que KJ es un gran rival imposible de vencer por lo que decide aliarse a éste y así iniciar con un nuevo entrenamiento.