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Después de que fue destruida la isla Kairyu por Geki, ya que éste lanzó una bomba por lo que todos los habitantes fallecen excepto Kenshin y Shura que por suerte logran salvarse. Ahora Kenshin deberá enfrentar más complicaciones porque aspectos de su pasado lo siguen persiguiendo, él aún está preocupado por lo que pueda pasar, ya que se la pasa soñando con las peleas que solía tener cuando estaba al servicio de los Patriotas de la Restauración. Kenshin deberá afrontar tarde o temprano aquellos recuerdos que no lo dejan seguir adelante y aunque sabe que aún posee temibles enemigos, en realidad le esperan batallas y oponentes con un enorme poder. Junto a sus amigos hallará la forma de permanecer fiel a sus ideales y derrotar a quien sea que quiera deshacerse de ellos.
35 episodios
Transmitida en Fuji Television
Transmitida desde: 1997
1 video
Ver reparto completo de la temporada 2
1:45
Kenshin comienza a tener recurrentes sueños de su pasado como guerrero al servicio de los Isshin-Shishi
Kenshin piensa seriamente en el regreso de Hajime Saito, antiguo capitán de los Shinsengumi, quien ahora se hace pasar por un oficial de policía.
Kenshin y Saito continúan con su pelea, la cual parece estar a favor de Saito.
Kenshin y Okubo quedaron de encontrarse el 14 de mayo para decidir si Kenshin aceptaba la oferta de ir a Kioto a detener a Shishio, pero han asesinado a Okubo.
Kaoru se encuentra muy triste por tener que despedirse de Kenshin quien se marchó a Kioto.
Kaoru, ahora más armada de valor, va en búsqueda de Kenshin.
Una chica misteriosa trata de asaltar a Kenshin y más tarde revela su identidad.
Mientras viajaban a Kioto, Kenshin y Misao encuentran a un samurái moribundo sujetando a un niño en brazos.
Soujiro recibe en la entrada de la mansión a Kenshin y a Saito.
Shishio siente que Kenshin todavía no es digno de enfrentarlo, ya que no despertó su instinto de asesino.
Mientras Kenshin, Misao, Kaoru y Yahiko continúan hacia Kioto, Sanosuke continúa entrenando para fortalecer sus habilidades.
Kenshin y Misao finalmente llegan a Kioto y se dirigen al Aoiya, que es donde habita ella y el grupo de los Oniwabanshu.
Kenshin se enfrenta a Chō, pero está en desventaja y no cuenta más que con la vaina de su espada sin filo para defenderse.
Kaoru y Yahiko son bien recibidos en el Aoiya por Misao y Okina, y los mantienen al tanto de lo sucedido.
Misao está sumamente impactada al enterarse que Beshimi, Hyotokko, Shikiho y Hannya sacrificaron sus vidas para proteger a Aoshi.
Mientras todos esperan por Kenshin en el Aoiya, él se encuentra con el maestro Seijuro entrenando arduamente.
Kenshin se marcha de la casa de su maestro agradeciendo todo lo que ha hecho por el, le pide de favor proteger a todos en el Aoiya mientras va en su lucha contra Sishio.
Kenshin y Saito se reúnen dentro del cuartel y son avisados del peligro que existe en el territorio de Kioto.
Kenshin y Saito planean una estrategia para poder entrar al Rengoku usando a Sanosuke como señuelo.
Llega el momento del combate final contra Shishio y el Juppongatana.
Anji solía vivir con un grupo de jóvenes bajo las enseñanzas de Buda.
Sanosuke se recupera de sus heridas gracias a la medicina de Megumi y el cuidado de Anji.
Kenshin y Aoshi vuelven a enfrentarse tal como lo habían prometido.
Kenshin reconoce que el estado mental de Aoshi es sumamente débil, pues solo quiere complacer sus propios fines egoístas al precio de dejarlo todo para ser el más poderoso.
Yahiko es bombardeado y cortado por Henya, así que queda malherido, pero algo impresionante pasa.
Fuji y Saitsuchi aprovechan que todos están exhaustos y se preparan para destruir todo.
Kenshin llega a la habitación y descubre que no puede predecir los movimientos de Soujiro, pues él no muestra emociones.
Se descubre que Soujiro vivía con la familia de su padre, ya que era huérfano de madre, pero al haber nacido fuera del matrimonio era maltratado y despreciado.
Kenshin y Soujiro usan sus mejores técnicas.
Yumi ha llevado a Kenshin y Sanosuke hasta la Sala del Fuego.
Kenshin no puede emplear su Amakakeru Ryū no Hirameki, pues su secreto ha sido revelado.
Aoshi lucha contra Shishio porque siente que le hizo perder tiempo y energías a Kenshin, así que le dará tiempo para regresar a enfrentarlo.
Yumi se interpone entre Shishio y Kenshin, ya que el cuerpo de Shishio no puede controlar su temperatura y tampoco puede tener actividad física por más de 15 minutos.
Megumi va rápidamente a Kioto a tratar a los heridos.
Kaoru y los demás vuelven a Tokio, pero toman caminos diferentes.