Después de siete años, Lincoln y Sara reciben información de parte de T-Bag, la cual confirma que Michael sigue vivo y se encuentra en una prisión de máxima seguridad en Yemen, donde está cumpliendo una sentencia por terrorismo. Ambos terminan diseñando un nuevo plan de escape, el cual reunirá a los fugitivos más reconocidos de la Prisión Estatal de Fox River para llevarlo a cabo. En esta nueva misión, el desafío no sólo será escapar de una prisión, sino de una nación que se encuentra en plena Guerra Civil.