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La tercera temporada de la serie procedimental comienza con la Dra. Temperance Brennan, Seeley Booth y el equipo que investiga una comunidad sospechosa de tener tendencias caníbales. Otras investigaciones estacionales incluyen los asesinatos de una mamá de fútbol, un agricultor orgánico mujeriego, un pasante de Jefferson, un Santa del centro comercial y un corredor de motocicletas. Sin embargo, el caso más desafiante de la temporada se centra en un asesino en serie caníbal conocido como Gormogon, ya que el equipo descubre evidencia escalofriante que sugiere que uno de los suyos puede estar trabajando como aprendiz de Gormogon.
15 episodios
Transmitida en FOX
Transmitida desde: 25 de septiembre de 2007
Ver reparto completo de la temporada 3
Una calavera se estrella contra el parabrisas de un coche de unos jóvenes, mientras conducían por una autopista. Al examinar el cráneo, Brennan y Cam encuentran marcas de dientes humanos, lo que implica que se cometió un acto de canibalismo contra la víctima.
Brennan y Booth investigan la muerte de un ama de casa cuyo vehículo voló por los aires mientras ella estaba en su interior. Los investigadores se sienten confusos ante el incomprensible suceso, pero pronto descubren que la mujer, llamada June, había pertenecido en los años 70 a un grupo de radicales llamado Armada de Liberación Nacional.
El equipo investiga el hallazgo de un cuerpo en proceso de descomposición que fue encontrado con las manos atadas y sin pies. Las pistas llevan a la doctora Brennan y al agente Booth hasta un lugar en el que la víctima y otras personas desarrollaban prácticas sadomasoquistas.
Booth y Brennan examinan un cuerpo en estado de descomposición encontrado por unos jóvenes en los jardines de un hospital. El cuerpo pertenece a un hombre llamado Franklin Curtis, fundador de una cadena de supermercados de comida orgánica.
Una calabaza de Halloween resulta ser mucho más peligrosa de lo que parecía cuando se hallan en su interior los restos momificados de una chica. Booth y Brennan investigan el suceso y descubren que la víctima llevaba muerta aproximadamente un año.
El equipo sospecha de sus propios compañeros del Instituto cuando se encuentran restos del cuerpo de una trabajadora del Jeffersonian en la incineradora del edificio. En un primer momento, se estudia el asesinato como posible causa de la muerte ya que la víctima estaba trabajando en el caso del hijo de la viuda.
Una cápsula del tiempo en la que varios alumnos de un instituto metieron algunas pertenencias hace 20 años es desenterrada en una ceremonia que reúne de nuevo a todos los compañeros de promoción.
Monseñor Douglas Cooper, Vicario General del Arzobispo de Washington D.C., aparece muerto y sin rodillas en un descampado. Brennan y su equipo estudian el cuerpo e investigan un paquete enviado al domicilio de la doctora en el que se encontraban las dos rótulas de la víctima y un conocido símbolo que les lleva a relacionar el caso con el del hijo de la viuda.
Booth y Brennan investigan la muerte de un hombre llamado Kris Kringle que trabajaba como Santa Claus y cuyo cuerpo fue hallado en la trasera de unos grandes almacenes por dos elfos. Lo más llamativo del caso para los investigadores es la gran semejanza de la víctima con el verdadero personaje de Santa Claus.
Una pareja descubre un cadáver en un manantial de barro que puede alcanzar los 40 grados. La víctima llevaba aproximadamente dos semanas muerto y los restos hallados conducen a los investigadores hasta el piloto de motos Tripp Goddard, ganador de un Prix celebrado justo antes de morir. La doctora Brennan y Booth acuden a la casa para la que corría en busca de pruebas que les lleven hasta el culpable. El principal sospechoso es el hijo del jefe del equipo, que aquél día perdió la carrera y tuvo un accidente ocasionado por la víctima.
El cuerpo de un atleta estrella se encuentra detrás de las gradas en el gimnasio de Atlantic State University.
Una mujer es expulsada de la carretera en la que circulaba por un conductor que huye de la escena. La mujer muere en el impacto pero su bebé, que viajaba con ella, sobrevive milagrosamente. Booth y Bones viajan al pueblo de la víctima para averiguar quién fue el responsable de su muerte. La doctora, con la ayuda del agente del FBI, cuida del bebé mientras su equipo estudia las pistas en busca del asesino.
El padre de Brennan tiene que enfrentarse al juicio por el asesinato del subdirector del FBI, Kirby. Todos los miembros del equipo excepto la doctora son llamados a declarar en el estrado como especialistas de la acusación.
Un aspirante a cantante llamado Tommy Sour es hallado muerto en una zona con mucha vegetación. El último lugar donde se le vio fue en un restaurante al que acudían aficionados al cante en el que tuvo una pelea con un compañero. La investigación lleva a Booth, Brennan y Cam, el psicólogo, hasta Pam, una clienta del gimnasio en el que Tommy era monitor, que tenía una obsesión enfermiza con la víctima. Al enterarse de su muerte, pone los ojos en Booth, iniciando así una nueva obsesión que podría terminar en tragedia.
Brennan recibe en el laboratorio una mandíbula que, por sus características, lleva a la doctora a relacionar el suceso con Gormogon, el caníbal que construye un esqueleto con restos de diferentes personas. La incertidumbre se apodera de los miembros del laboratorio cuando Zac sufre un accidente que destapa una terrible sospecha: alguien del equipo de Brennan está colaborando con el caníbal.