La segunda temporada sigue a Frank, quien ha abandonado su pacifismo y se ha unido a la resistencia en contra de los Japoneses. El joven eventualmente participa en un bombardeo contra los cuarteles del régimen japonés en San Francisco, que termina con la vida de gran parte del personal y la de algunos personajes de alto perfil. Por su parte, Juliana intenta pedir asilo político en la embajada Alemana, tratando de escapar de los soldados japoneses, la mayor parte de la temporada ella estará viviendo en asilo con el único fin de sobrevivir. Un viejo personaje que se creía muerto regresa, lo que provoca que las sospechas sobre otros mundos cobren más fuerza. Las cosas no pintan nada bien para John, pues después de que su hijo es diagnosticado con una enfermedad, tendrá que lidiar con problemas familiares que le demandarán el mayor sacrificio posible.