Michael Fassbender nació en Heidelberg, Alemania, con un padre alemán, Josef, y una madre irlandesa, Adele (originalmente de Larne, Condado de Antrim, en Irlanda del Norte). Michael se crió en la ciudad de Killarney, condado de Kerry, en el suroeste de Irlanda, a donde se mudó su familia cuando tenía dos años. Sus padres tenían un restaurante (su padre es chef). Fassbender posee la doble nacionalidad. 

Estudió actuación en una prestigiosa academia de arte e interpretación llamada Central School of Speech and Drama.

Debutó en televisión con la miniserie Banda de hermanos, producida por Steven Spielberg y Tom Hanks. Y su primer aparición cinematográfica fue en 300, donde interpretó al guerrero espartano Stelios.

Tras participar en varias series de televisión y en cintas independientes, su gran oportunidad llegó en el 2009 cuando Quentin Tarantino lo llamó para participar en Bastardos sin Gloria. De ahí su carrera despuntó y encontró la fama al darle vida al villano Magneto en la saga X-Men.

La crítica lo aplaudió en su caracterización de adicto al sexo en Shame (2011), con la que ganó el premio al Mejor Actor en el Festival de Venecia.

En 2013, el Oscar lo llamó a sus filas al nominarlo como Mejor Actor de Reparto en 12 Años Esclavo, donde volvió a participar con el director Steve McQueen. Dos años después volvió a competir por la famosa presea gracias a su caracterización de Steve Jobs en la cinta biográfica del director Danny Boyle. Además de sumarse a la saga de Alien, el actor apareció en The Snowman y en las nuevas cintas de la franquicia de X-Men.