Maya Zapata comenzó su carrera de manera autodidacta, pero después tomó algunos cursos de actuación  e inició la carrera de Antropología Social.

Su primera aparición en cine fue a los 3 años en El tres copas (1986), bajo la dirección de Felipe Casalz, mientras que su primer personaje importante fue en Old Gringo (1989). Desde entonces ha logrado participar en cerca de 15 producciones internacionales como Les disparues de la Sierra Madre (Francia, 1995), Perdita Durango (EU, 1997), al lado de Rosie Perez y Javier Bardem, Los tres entierros de Melquiades Estrada (2004) de Tommy Lee Jones y Bordertown (EU, 2005) con Jennifer López y Antonio Banderas.

Es protagonista de cintas como De la calle (2001) y Morirse en domingo (2007), por las que fue galardonada con el Ariel y la Diosa de Plata, respectivamente, como mejor actriz. También realizó Casi divas (2008), La misma luna (2008), Bordertown (2008), All Inclusive (2008), Morenita (2008) y Los inadaptados (2009).

En televisión ha participado en Ellas son... la alegría del hogar, bajo la producción de Eugenio Derbez, donde comparte créditos con Vanessa Bauche, así como en la serie Tiempo final y Kadabra de FOX Telecolombia, compartiendo créditos nuevamente con Damián Alcázar y Joaquín Cossio. Uno de los papeles cumbre en su carrera fue el de Rocío, la mejor amiga de Charlie (Ana Claudia Talancón) en Soy tu fan, una producción de Canana y Canal Once.

Maya se caracteriza por su interpretación de personajes complejos e intensos con un gran contenido dramático y en contraste es una excelente actriz de comedia. Su próximo proyecto televisivo es la bioserie de Selena Quintanilla, en la que dará vida a la reina del Tex-Mex.