Molly Shannon asistió a la Universidad de Nueva York, donde estudió teatro y se graduó de la Escuela de Artes Tisch de la Universidad de Nueva York en 1987. Shannon trabajó como anfitriona y como chica de demostración de alimentos mientras al mismo tiempo que audicionaba para conseguir trabajo como actriz. Su primer gran papel en el cine fue interpretando el papel secundario de Meg en la nueva versión de la película de terror de 1989 El fantasma de la ópera, con Robert Englund. Esto la llevó a participar en varias series de televisión y comerciales hasta que, en febrero de 1995, fue contratada como miembro destacada en Saturday Night Live (1995-2001). A lo largo de su carrera, también pareció en papeles secundarios en varias películas y fue nominada a los premios Emmy en tres ocasiones. Próximamente la veremos en un papel principal en la nueva serie creada por Vanessa Bayer and Jeremy Beiler I Love That for You (2022).