G.I. Joe – El origen de cobra es una cinta de acción y ciencia ficción, dirigida por Stephen Sommers (La momia), en un futuro cercano, cuando se teme el desarrollo de nuevas modalidades de conflictos bélicos, James McCullen, un innovador fabricador de armas con nanotecnología entrega, por medio de su compañía M.A.R.S., cuatro ojivas con dicha tecnología a un convoy de soldados para ser entregada a la OTAN. Sin embargo, el convoy, lidereado por los soldados norteamericanos Duke Hauser y Ripcord, es emboscado por una organización terrorista, al mando de la Baronesa, una antigua compañera y amante de Duke. En el último momento, son rescatados por un grupo élite internacional de soldados, conocido como G.I. Joe, cuyo líder, el general Hawk, acepta el involucramiento de Duke y Ripcord, dado el antecedente que tienen con la villana. Sin embargo, pronto revelan que McCullen trabaja en secreto con un equipo de terroristas para crear un ejercito de soldados utilizando la misma tecnología de las ojivas, lo que desataría un conflicto global sin precedentes.
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