Ethan Hunt es capturado durante una misión en la que intenta dar con un grupo de agentes conocidos como El Sindicato con habilidades muy similares a las de la Fuerza de Misión Imposible (IMF por sus siglas en inglés). Cuando está a punto de ser torturado, una de las agentes, una mujer llamada Ilsa Faust, traiciona a sus compañeros y ayuda a Hunt a escapar.
Al buscar a su compañero William Brandt, Hunt se entera de que IMF ha cesado sus operaciones. Hunt inicia entonces una misión en solitario por detener a El Sindicato que lo llevará a vivir una trepidante aventura en Viena que involucrará a un canciller que se encuentra en riesgo de ser asesinado. Misión imposible 5: Nación secreta contiene todos los elementos que han hecho popular a esta franquicia: persecuciones, grandes armas, tensión al extremo y, por supuesto, a Tom Cruise.
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