Kubo (Art Parkinson) es un joven huérfano de padre, que lleva una vida tranquila y silenciosa en un pequeño pueblo del antiguo Japón. Él saca sus ganancias siendo un cuentacuentos y enseñando a hacer figuras de origami. Sin embargo, su vida cambia por completo una noche que su mamá no vuelve a casa. Pues un espíritu del pasado le da ese giro tras encender una venganza ancestral. Después de esto, Kubo se ve obligado a luchar contra dioses y monstruos de mucho peligro. Entre ellos está el temible Rey Luna (Ralp Fiennes) y las perversas gemelas (Rooney Mara). Pero esta batalla no la luchará solo, porque él también tiene a su pequeñe ejército que cuenta con la ayuda de Mona (Charlize Theron), Escarabajo (Matthew McConaughey) y de un instrumento mágico. Sin embargo, esto no será suficiente y tendrá que buscar una armadura mágica que le pertenecía a su padre. Y con eso, vencer al mal y poder recuperar a su madre. Kubo y la búsqueda del samurái la dirige el experto en animación, Travis Knight (The Boxtrolls).
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