Señales nos cuenta la historia del pastor Graham Hess, quien ha perdido su fe en Dios después de que su esposa muriera en un accidente automovilístico. Vive con su hijo, su hija y su hermano Merrill en una granja, en la que cierto día comienzan a aparecer extraños círculos marcados en sus cultivos de maíz. Las señales comienzan a aparecer también en distintos lugares del mundo y coinciden con el avistamiento de extrañas luces en el cielo. Después de escuchar ruidos extraños y ver la cobertura que las diferentes cadenas noticiosas le dan a este fenómeno, la familia sospecha que todo puede ser obra de seres extraterrestres. Deberán permanecer unidos para sobrevivir a la prueba y encontrar la manera de escapar de los alienígenas.
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