En Mini espías 3, Juni Cortez se vive tranquilamente tras retirarse de la OSS, trabajando como detective privado, aunque con un salario minúsculo. Un día se ve obligado a regresar a su vida de espía cuando el presidente Devlin, el exjefe de la OSS, lo contacta y le informa que su hermana, Carmen, está desaparecida después de que una misión salió mal. Al llegar a la OSS, Juni se entera que Carmen fue capturada por el Toymaker, un ex informante del OSS que fue encarcelado en el ciberespacio por la organización pero que desde entonces ha creado el codiciado Game Over, un videojuego basado en realidad virtual que tiene la intención de usar para escapar del ciberespacio a través de jugadores que alcanzan el insuperable Nivel 5. Juni debe entrar en el juego y luchar a través de niveles cada vez más difíciles del juego para salvar a su hermana y, en última instancia, al mundo de un villano hambriento de poder.
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