Interminables guerras y la contaminación ambiental hacen surgir poderosos kaijus que ponen en peligro a la Tierra. Como resultado, las Fuerzas de Defensa Global (FDG) deciden proteger a la humanidad con sus humanos mutantes con superpoderes. Cuando los alienígenas Xilianos invaden la Tierra, liberan monstruos gigantes que comienzan a atacar varias ciudades importantes. Rodan ataca la ciudad de Nueva York, Anguirus ataca a Shanghai, Zilla ataca a Sydney, King Caesar ataca a Okinawa, Kamacuras ataca a París, Kumonga ataca a Phoenix, Ebirah ataca a Tokai y Hedorah ataca un lugar desconocido. Las Fuerzas de Defensa Global son incapaces de derrotar a las criaturas, por lo que el comandante Douglas Gordon decide liberar a Godzilla, que ha estado atrapado en un glaciar durante muchos años, para luchar contra los monstruos. En Godzilla: Final Wars, la antigua enemiga del planeta se convierte en su última esperanza para vencer a los monstruos y al poderoso Monstruo X.
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