Cuando comienza la sexta temporada, Cam encuentra su trabajo como médico forense federal y su reputación en peligro debido a las políticas que rodean un caso estancado que involucra los restos de un niño en su mesa de patología. Uno por uno, los miembros del equipo vuelven a casa para resolver el misterio detrás de la muerte del niño y preservar la reputación de uno de los suyos. También esta temporada, Booth ha avanzado emocionalmente, como le dijo a Brennan que tenía que hacer, y ha entablado una relación seria con un corresponsal de guerra.