Interesado en la cinematografía y la fotografía, Scoot McNairy se mudó a Los Ángeles para ir a la escuela de cine. Asistió durante un año, luego la abandonó y comenzó a trabajar en la producción de películas, haciendo carpintería y construyendo sets de películas. Luego trabajó como extra, hasta que finalmente encontró trabajo estable en más de 200 comerciales de televisión. Tuvo pequeños papeles en películas, como Wonderland (2003), Herbie – A toda marcha (2005) y Art School Confidential (2006). McNairy interpretó a Frankie en la película del director Andrew Dominik Mátalos suavemente (2012), junto a Brad Pitt. Este papel lo condujo a una serie de roles de alto perfil, incluido el de Joe Stafford en Argo (2012) de Ben Affleck, para el cual estudió persa. En 2013, apareció en 12 años esclavo de Steve McQueen, que nuevamente incluyó a Pitt. Desde 2018, McNairy es el narrador e interpreta al agente de la DEA Walt en Narcos: México de Netflix.