Christopher Eccleston nació el 16 de febrero de 1964 en Salford, Lancashire, Inglaterra, Reino Unido.
Eccleston completó un curso de dos años de Performance Foundation en Salford Tech antes de entrar en la Escuela Central de Oratoria y Drama. Como actor, fue influenciado en sus primeros años por Kes de Ken Loach y la actuación de Albert Finney en Saturday Night y Sunday Morning.
A la edad de 25 años, Eccleston hizo su debut en el escenario profesional en la producción de Bristol Street Vic de Un tranvía llamado Deseo. Desempleado como actor durante algunos años después de graduarse de la escuela, Eccleston tomó una variedad de trabajos extraños en un supermercado, en sitios de construcción y como modelo de artistas.
Eccleston llamó la atención pública por primera vez como Derek Bentley en Let Him Have It (1991). Sin embargo, fue un papel habitual en la serie de televisión Cracker (1993), que lo convirtió en una figura reconocida en el Reino Unido. Apareció en el thriller de bajo presupuesto: Tumba al ras de la tierra (1994), y en el mismo año, ganó el papel de Nicky Hutchinson en la épica serie de drama de la BBC Our Friends in the North (1996).
En su carrera cinematográfica, ha protagonizado un papel protagonista junto a varias actrices importantes, como Renée Zellweger en A Price Above Rubies (1998), Cate Blanchett en Elizabeth (1998), con Cameron Diaz y Jordana Brewster en The Invisible Circus (2001) y con Nicole Kidman en Los otros (2001).
El 2 de abril de 2004, se anunció que Eccleston interpretaría la novena encarnación del Doctor en la reactivación de la serie de televisión de ciencia ficción de la BBC Doctor Who, que comenzó la transmisión el 26 de marzo de 2005. Eccleston permaneció en la serie por solo una temporada.
En agosto de 2006, Eccleston filmó New Orleans, Mon Amour con Elisabeth Moss. La película fue dirigida por Michael Almereyda y filmada después del huracán Katrina New Orleans. Fue estrenada en 2008 en festivales de cine en América e Italia.
También apareció como el villano Destro en G.I. Joe: El ascenso de Cobra. Eccleston participó en un episodio de The Sarah Silverman Programme como el héroe favorito de ciencia ficción en un programa show-in-the-show llamado Dr. Laser Rage.
En 2013, Eccleston interpretó al villano Malekith en Thor: un mundo oscuro, la secuela de Thor y la octava entrega en Marvel Cinematic Universe.
Se ha anunciado que Eccleston desempeñará el papel principal en la producción de Macbeth de la Royal Shakespeare Company en 2018.