Dos años después de escapar del dolor emocional y físico que había encontrado anteriormente, Jason Bourne y su novia Marie Kreutz están en constante movimiento y viviendo de incógnito buscando un lugar donde comenzar una nueva vida lo más lejos posible. Jason sigue experimentando flashbacks sobre su vida como asesino de la CIA, y los registra en un cuaderno. Mientras están en Goa, India, Jason es perseguido e incriminado en un crimen por un agente ruso, quien se dirige a asesinarlo, pero en su enfrentamiento, asesina a Marie. Así un juego persecución ha vuelto a comenzar, obligando a entrar en acción a Jason una vez más para enfrentarse a un grupo de implacables asesinos profesionales. Con Matt Damon repitiendo su papel, La supremacía Bourne continúa con la historia de Jason Bourne, esta vez en la que debe volver a entrar en la vida que quería dejar atrás para descubrir el porqué de que aún lo persigan.
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