Jonathan Pryce nació el 1 de junio de 1947 en Holywell, Flintshire, Gales, Reino Unido. Estudió en la escuela de arte dramático RADA. Después de graduarse se unió a la Compañía de Teatro Liverpool Everyman, continuando con una temporada interpretando en el Nottingham Playhouse bajo la dirección de Richard Eye, regresando mas tarde como director artistico al Everyman. En 1975, Pryce interpretó Comedians, dirigido por Sir Eyre, y luego se fue a trabajar a Nueva York. Pryce ganó su primer Tony por su primer trabajo en esa ciudad, y a continuación realizó una temporada con la compañía real de Shakespeare, apareciendo en La fierecilla domada, Antonio y Cleopatra, y Measure for Measure. En 1980, Pryce obtuvó una importante aprobación de la critica por su trabajo en Hamlet, dirigida por Sir Eyre. Hizo su debut en pantalla de grande en la obra maestra de Terry Gilliam, Brasil (1985). En 1984 regresó al teatro con la obra de Ferry Gilliams, Accidental Death of a Fan Anarchist en Broadway; y regresó a Inglaterra para personificar The Doctor and the Devils. Pryce trabajó una vez más con Gilliam en Las aventuras del barón Munchausen (1988). En 1989 obtuvo un premio Oliver por su trabajo en Miss Saigon, y en 1991 regreso a Broadway con la misma obra ganando un Tony, el premio de la critica Outer Circle y el Drama Desk. Pryce luego actuó con Madonna y Antonio Banderas en su primera película musical, Evita (1996). En esta adaptación del musical de Andrew Lloyd Webber, Pryce retrató al presidente argentino Juan Perón. La banda sonora de la película fue un éxito internacional. Contiene más de 30 canciones cantadas principalmente por Madonna, Banderas y él mismo. Inicialmente en 2015, fue actor invitado en la serie de HBO Game of Thrones como High Sparrow antes de convertirse en miembro principal del elenco en 2016. Desde principios de 2017, Pryce ha protagonizando la serie Taboo, interpretando el papel de Sir Stuart Strange. En el 2019 protagonizó la película de Fernando Meirelles, Los dos papas, que retrataba la ocmplicada relación entre los papas Benedicto y Francisco. Jonathan fue nominado en la categoría de Mejor actor en los Premios de la Academia por su interpretación de Francisco, mientras que Anthony Hopkins se coló en la terna al Mejor actor de reparto por su trabajo como Benedicto.