En Star Trek: En la oscuridad, la tripulación del USS Enterprise se ha aventurado a nuevos horizontes y aventuras y ha logrado conquistar misiones que parecían imposibles. Pero durante una peligrosa misión, dirigida para el rescate de una especie en peligro de extinción, en un planeta con un volcán activo, el comportamiento impulsivo del capitán Kirk pone en peligro a todos los involucrados. Aunque la misión es exitosa, Kirk es degradado a un grado menor, como primero oficial del Enterprise, a cargo ahora del almirante Pike, mientras que Spock es asignado a otra nave. Sin embargo, durante una reunión de emergencia, la flota es atacada en una instalación secreta de Londres, en un operativo dirigido por John Harrison, un antiguo miembro de la Flota. Ante la emergencia, Kirk y Spock vuelven al mando de la Enterprise para atrapar a Harrison, quien guarda una serie de secretos que compromete a la flota.
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